中医认为：疾病的性质有寒热虚实之分，疾病所犯部位有上下表里的不同，故治法亦因而异之。《灵枢·九针十二原》中言：“凡用针者，虚则实之，满则泻之，宛陈则除之，邪盛则虚之”。故针灸治病，要在中医天人相应的整体观、形神统一的生命观、太极思维的辨证观的指导下，以脏腑经络理论为中心，根据病机和证候，以腧穴的功能为切入点，进行正确的配伍组方。常用的配穴方法有这几种：
1.同经配穴法：即某一脏腑经脉发生病变时，选其脏腑经脉的腧穴配成处方。如《素问·刺热》中：“热病身重，骨痛，耳聋，好瞑，刺足少阴。”因为病发于少阴而为热病，肾主骨而为生气之源，气伤故“身重”；肾开窍于耳，故“耳聋”；少阴病“但欲寐”，故“好瞑”。可刺足少阴经之井穴涌泉，荥穴然谷。
2.表里配穴法：即某一脏腑有病，专取与其相互表里的经脉的腧穴组成处方施术。如《素问·刺热》云：“热病始于臂痛，刺手阳明、太阴而汗出止。”病在上而发于阳故取手太阴之络穴列缺，欲出汗，取手阳明之商阳。
3.前后配穴法：前，指胸腹为阴；后，指脊背腰骶为阳。本法在《内经》中被称为偶刺法，《灵枢·官针》中言：“偶刺者，以手直心若背，直痛所，一刺前，一刺后，以治心痹”。
4.上下配穴法：本法系指人身上部腧穴与下部腧穴配伍组成处方施术。如半身不遂之证，多因经络气血运行受阻而致。阳明为多气多血之经，故针灸上部手阳明大肠经之肩髃、曲池、合谷，下部足阳明胃经之足三里、解溪、冲阳诸穴，俾阳明经气血通畅，正气强盛，而机体功能易于恢复。
5.左右配穴法：指左侧的腧穴与右侧的腧穴进行配伍的方法。其应用依据有三：一是经脉循行两侧对称，左右配穴可加强疗效；二是左为阳，右为阴，双侧取穴可调节左右阴阳的功能协调，有补偏救弊之功；三是外邪侵犯经络的不同部位，在缪刺、巨刺的原则下配穴成方。巨刺与缪刺同是左病取右，右病取左，不同点在于巨刺必刺中大经，而缪刺是只刺大络。
6.五输配穴法：五输穴，是指十二经分布于肘、膝以下井、荥、输、经、合五类腧穴的简称。古人把气血在经脉中运行的情况用自然界水流动向作比喻，对经气流注由小到大、由浅到深，注入海泽的动向，用以说明经气在运行中所过部位的浅深不同，而具有不同的作用。
7.募俞配穴法：募穴是脏腑经气汇集于胸腹部的腧穴，俞穴是脏腑经气输注于背部的腧穴，故募、俞穴与各脏腑的生理病理有密切的关系。当脏腑发生疾病时，每在俞、募穴上存有反应，表现为压痛或敏感等，故某一脏腑有病，可以对其所属之俞穴、募穴施术，以达到祛除疾苦的功效。
8.原络配穴法：《灵枢·九针十二原》云：“五脏有六腑，六腑有十二原，十二原出于四关，四关主治五脏，五脏有疾，当取之十二原。”而络穴大都位于表里经脉联络之处，故络穴用于治疗表里两经有关的病证。如足太阴脾经之络穴公孙，既可治疗脾经疾病，又可治疗胃经的疾病。原穴、络穴可单独使用，亦可相伍为用，可根据发病的先后进行配伍。如热病之伤寒兼里热证，为表里同病。若肺经（里）先病，大肠经（表）后病，则主以手太阴经之原穴太渊，辅以手阳明经络穴偏历。
9.八脉交会配伍法：八脉交会穴，是古人根据腧穴的主治要点，认为四肢部有与奇经八脉相通的八个腧穴。这八个腧穴具有主治奇经八脉病证的作用。如后溪为手太阳小肠经之腧穴，通督脉，申脉为足太阳膀胱经之腧穴，二穴合于目内眦、颈项、耳、肩膊、小肠、膀胱，上述部位及脏腑有病可先取后溪，后取申脉。
10.八会穴配伍法：八会穴是指脏、腑、气、血、筋、脉、骨、髓等八个聚会穴。即脏会章门，腑会中脘，气会膻中，血会膈俞，筋会阳陵泉，脉会太渊，骨会大杼，髓会绝骨。每穴可治疗相关脏腑组织的病证，如脏病取章门，腑病取中脘，气病取膻中，血病取膈俞，筋病取阳陵泉，脉病取太渊，骨病取大杼，髓病取绝骨，此为单穴应用法。亦可结合脏腑经络辨证，伍以其他经穴配伍应用。
11.郄穴配伍法：郄穴是经脉之气深聚部位的腧穴，十二经脉各有一个郄穴，而奇经中之阴维脉、阳维脉、阴跷脉、阳跷脉也各有一个郄穴，共计十六郄穴。“郄有空隙意，临床能救急”，郄穴适用于本经循行部位及所属脏腑经脉的急性病证。
12.下合穴配伍法：此为手足六腑经脉合于下肢的六个腧穴。胃合入于三里，大肠合入于巨虚上廉，小肠合入于巨虚下廉，三焦合入于委阳，膀胱合入于委中央，胆合入于阳陵泉。此法可单取下合穴为方施术，亦可根据脏腑经络辨证辅以他穴，组成主辅经穴配伍法。
13.交会穴配伍法：交会穴是指两条或两条以上经脉交叉会合部位的腧穴。临床上应用此类腧穴多治疗本经病及所交经脉之病证，如三阴交属足太阳脾经之穴，但又是足三阴经脉交会之腧穴，故可治脾、肝、肾经的疾病；督脉大椎穴，又是手足三阳经交会穴，故可治各种热病；又如腹部关元穴为任脉与足三阴脉之会，故不但可治任脉经之病，尚可治足三阴经之病。
14.择时配穴法：人体营卫的运行、经脉流注的时间节律变化确立了各脏腑的固有功能，并有着显著的昼夜节律，又称为人体的内源节律。子午流注便是其代表，它以井、荥、输、经、合五输穴配合阴阳五行为基础，运用干支配合脏腑，干支纪年纪月纪时，以推算经气流注盛衰开合，按时取穴治疗疾病。
15.相类配穴法：它是利用经穴的共性来加强疗效的配穴法。如同为手太阴肺经之中府、太渊，均有主治肺经疾患，对此组经穴施术，加强了宣肺镇咳的功能，此种配伍又属同经配穴法。
16.相对配穴法：是将两种含补与泻、升与降、散与收等不同功用性质、功能不同的经穴配伍使用。如百会伍涌泉：百会为手足三阳经与督脉交会于头巅之穴，有开窍醒神、升阳举陷之功；涌泉为足少阴肾经之井穴，有苏厥回逆、镇惊宁神、平肝息风、育阴潜阳之功，为上病下取之意。百会主升，涌泉主降，二穴相伍，一升一降，共奏升降相因、滋肾平肝、潜阳降逆之功，故适用肝肾亏虚、肝阳上亢之眩晕（高血压病）、失眠、健忘等。
17.相辅配穴法：以一穴为主，他穴为辅，配合应用以提高疗效，即讲究君、臣、佐、使组方模式的配伍方法，是临床中常用的复式配穴方法。